Ola
Para certificado A3
Se seu certificado for A3 – Certamente ele não esta instalado corretamente ou não esta conectado na unidade USB.
Caso esteja conectado na porta USB troque de unidade, coloque em outra entrada e teste.
Se mesmo assim não funcionar reinstale os drivres dele.

Para certificado A1
Verifique se seu certificado esta instalado

O local mais apropriado de fazer de testes se o certificado esta funcionando em seu PC e ir no site da receita federal no ECAC link – https://cav.receita.fazenda.gov.br/eCAC/publico/login.aspx e clicar no botão “Certificado digital” se abrir os dados de sua empresa esta OK. Se não abrir e porque seu certificado não em seu PC.